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识别克罗恩病 mRNA 3' UTR 和 mRNA 水平差异的新策略

胡拓、刘华山、周池、吴贤瑞、陈玉峰、刘宣辉、何晓文、邹一峰、何晓生、吴晓建、兰萍、贾柯

摘要 背景和目的：克罗恩病（CD）是一种慢性难治性肠道炎症性疾病。mRNA转录物的3'非翻译区（3'UTR）可以在转录后调节其自身的翻译过程，其在CD中的作用仍不清楚。本研究的目的是通过调节 mRNA 3' UTR 来鉴定影响 CD 表型的关键基因。方法：使用异构体结构变化模型 (IsoSCM) 从基于 RNA-seq 的在线 CD 数据库评估整个转录组的 3' UTR 长度。通过 Spearman 系数分析 3' UTR 长度状态与 mRNA 水平之间的相关性。相关基因列表与已发表的关键 CD 相关基因列表重叠。进行单变量和多变量分析以确定与 CD 表型相关的基因。结果：与正常对照相比，CD患者的432784个基因中，有34192个基因的3′UTR缩短，57389个基因延长。发现 255 个基因的 3' UTR 变化与其 mRNA 水平显着相关。此外，超过255个相关基因和已知CD相关基因列表（ABCB1、FAF1、TUT2、IL27、JAK2、LTB、NAGLU和PTPN2）共有8个重叠基因。单变量和多变量分析发现ABCB1和JAK2的mRNA水平以及JAK2转录本的3'UTR长度缩短与CD患者的深度溃疡相关。结论：CD相关基因3′UTR变化被证实与CD表型相关。我们的研究结果可能会为 CD 的表观遗传机制和治疗策略提供进一步的见解。CD患者的432784个基因中，3'UTR有34192个基因缩短，57389个基因延长。发现 255 个基因的 3' UTR 变化与其 mRNA 水平显着相关。此外，超过255个相关基因和已知CD相关基因列表（ABCB1、FAF1、TUT2、IL27、JAK2、LTB、NAGLU和PTPN2）共有8个重叠基因。单变量和多变量分析发现ABCB1和JAK2的mRNA水平以及JAK2转录本的3'UTR长度缩短与CD患者的深度溃疡相关。结论：CD相关基因3′UTR变化被证实与CD表型相关。我们的研究结果可能会为 CD 的表观遗传机制和治疗策略提供进一步的见解。CD患者的432784个基因中，3'UTR有34192个基因缩短，57389个基因延长。发现 255 个基因的 3' UTR 变化与其 mRNA 水平显着相关。此外，超过255个相关基因和已知CD相关基因列表（ABCB1、FAF1、TUT2、IL27、JAK2、LTB、NAGLU和PTPN2）共有8个重叠基因。单变量和多变量分析发现ABCB1和JAK2的mRNA水平以及JAK2转录本的3'UTR长度缩短与CD患者的深度溃疡相关。结论：CD相关基因3′UTR变化被证实与CD表型相关。我们的研究结果可能会为 CD 的表观遗传机制和治疗策略提供进一步的见解。此外，超过255个相关基因和已知CD相关基因列表（ABCB1、FAF1、TUT2、IL27、JAK2、LTB、NAGLU和PTPN2）共有8个重叠基因。单变量和多变量分析发现ABCB1和JAK2的mRNA水平以及JAK2转录本的3'UTR长度缩短与CD患者的深度溃疡相关。结论：CD相关基因3′UTR变化被证实与CD表型相关。我们的研究结果可能会为 CD 的表观遗传机制和治疗策略提供进一步的见解。此外，超过255个相关基因和已知CD相关基因列表（ABCB1、FAF1、TUT2、IL27、JAK2、LTB、NAGLU和PTPN2）共有8个重叠基因。单变量和多变量分析发现ABCB1和JAK2的mRNA水平以及JAK2转录本的3'UTR长度缩短与CD患者的深度溃疡相关。结论：CD相关基因3′UTR变化被证实与CD表型相关。我们的研究结果可能会为 CD 的表观遗传机制和治疗策略提供进一步的见解。通过单变量和多变量分析发现JAK2转录本的3'UTR长度缩短与CD患者的深度溃疡相关。结论：CD相关基因3′UTR变化被证实与CD表型相关。我们的研究结果可能会为 CD 的表观遗传机制和治疗策略提供进一步的见解。通过单变量和多变量分析发现JAK2转录本的3'UTR长度缩短与CD患者的深度溃疡相关。结论：CD相关基因3′UTR变化被证实与CD表型相关。我们的研究结果可能会为 CD 的表观遗传机制和治疗策略提供进一步的见解。