蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

自动计算独特的肽序列，通过质谱明确鉴定高度同源的蛋白质

迈克尔·科尔、戈登·雷德利希、马丁·艾森纳赫、安克·施纳贝尔、赫尔穆特·E·迈耶、卡特琳·马库斯和克里斯蒂安·斯蒂芬

在常规蛋白质组学方法中，蛋白酶用于将蛋白质组消化成一组肽。不幸的是，基于肽来确定蛋白质意味着一些不确定性，因为肽可能是不同蛋白质的一部分。因此，有针对性地检测特定蛋白质的独特肽是明确识别特定蛋白质的一项有前途的任务。在这里，我们提出了一种软件解决方案，可以高效、简单地检测这种独特的肽。第一步，通过选择蛋白酶，从给定的 FASTA 文件格式的蛋白质数据库中生成基于 SQL 的理论消化肽数据库。第二步，将由预定义蛋白质序列通过计算机生成的肽与该肽数据库进行比较，以识别独特的肽。其中，可能的应用包括仅可获得稀疏肽信息时的蛋白质鉴定，或需要有关肽独特性信息的高级蛋白质组学技术，例如多重反应监测 (MRM)。