蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

三种蛋白质-配体对接方案效率的比较研究

阿卜杜勒拉赫曼·本塞盖尼和阿卜杜勒·拉赫曼·本塞盖尼

基于结构的先导化合物优化方法在药物发现中发挥着越来越重要的作用过程。当感兴趣的生物靶标的高分辨率结构可用时，通过分子对接进行虚拟筛选已成为制药行业广泛使用的引导发现的方法。研究了用于虚拟数据库筛选的三个对接程序（Arguslab、Autodock 和 FlexX）的性能。Autodock 和 FlexX 是成熟的商业软件包，而 Arguslab 由 Planaria Software 免费分发给 Windows 平台。使用大量且多样化的药学目标和活性化合物数据集对这些对接程序和评分函数进行比较。我们重点关注柔性化合物的对接和刻划问题，这些化合物在空间上能够对接到受体的刚性构象中。精心挑选的 126 种药学相关蛋白质配体复合物的三维结构用于比较研究。Autodock 方法显示出始终优于两种替代方法的富集效果，而 FlexX 则在很大程度上优于 Arguslab。