临床毒理学杂志
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肺部组织修复和血管生成的可计算网络模型的构建

詹妮弗·S·帕克,沃尔特·K·施拉格1,布莱恩·P·弗鲁舒尔,玛雅·塔利卡,加里·托德特,斯蒂芬·格贝尔,蕾妮·迪汉,艾米利亚·维利科维奇,Jurjen W Westra,迈克尔·J·佩克,斯蒂芬妮·布埃,乌尔里克·科格尔,伊格纳西奥·冈萨雷斯-苏亚雷斯,阿恩德·亨斯特曼,曼努埃尔C Peitsch 和 Julia Hoeng

我们最近开发了通过使用可计算网络模型和网络评分方法来量化暴露于环境毒物的生物影响的方法。在这项研究中，我们将肺病理生理学特定网络模型的收集扩展到组织修复和血管生成。了解伤口愈合的分子机制非常重要，如果不解决伤口愈合的问题，最终可能会发展为不可逆转的疾病。组织修复和血管生成 (TRAG) 网络由九个模块化子网络组成，描述以下过程：缺氧诱导因子 1 α (HIF1A) 信号传导、发芽和肾小管生成、血管内皮生长因子 (VEGF) 介导的血管生成、生长因子介导的血管生成血管生成、血管生成的免疫调节、组织修复的免疫调节、细胞迁移、祖细胞的分化和纤维化。我们使用数据驱动的方法来增强最初的基于文献的网络，并使用两个独立的基因表达数据集来评估网络的一部分。这种方法增加了对网络准确描述组织修复过程的能力的信心。TRAG 网络是一个有价值的研究工具，用于评估暴露于环境侵害的生物影响并了解可能导致疾病的初始分子事件。TRAG 网络由 666 个节点组成，这些节点通过 1215 个关系或覆盖 1371 个 PubMed ID 的边连接起来，以生物表达语言表达，并以包括 XGMML 和 .xls 在内的计算机可读格式提供。我们使用数据驱动的方法来增强最初的基于文献的网络，并使用两个独立的基因表达数据集来评估网络的一部分。这种方法增加了对网络准确描述组织修复过程的能力的信心。TRAG 网络是一个有价值的研究工具，用于评估暴露于环境侵害的生物影响并了解可能导致疾病的初始分子事件。TRAG 网络由 666 个节点组成，这些节点通过 1215 个关系或覆盖 1371 个 PubMed ID 的边连接起来，以生物表达语言表达，并以包括 XGMML 和 .xls 在内的计算机可读格式提供。我们使用数据驱动的方法来增强最初的基于文献的网络，并使用两个独立的基因表达数据集来评估网络的一部分。这种方法增加了对网络准确描述组织修复过程的能力的信心。TRAG 网络是一个有价值的研究工具，用于评估暴露于环境侵害的生物影响并了解可能导致疾病的初始分子事件。TRAG 网络由 666 个节点组成，这些节点通过 1215 个关系或覆盖 1371 个 PubMed ID 的边连接起来，以生物表达语言表达，并以包括 XGMML 和 .xls 在内的计算机可读格式提供。这种方法增加了对网络准确描述组织修复过程的能力的信心。TRAG 网络是一个有价值的研究工具，用于评估暴露于环境侵害的生物影响并了解可能导致疾病的初始分子事件。TRAG 网络由 666 个节点组成，这些节点通过 1215 个关系或覆盖 1371 个 PubMed ID 的边连接起来，以生物表达语言表达，并以包括 XGMML 和 .xls 在内的计算机可读格式提供。这种方法增加了对网络准确描述组织修复过程的能力的信心。TRAG 网络是一个有价值的研究工具，用于评估暴露于环境侵害的生物影响并了解可能导致疾病的初始分子事件。TRAG 网络由 666 个节点组成，这些节点通过 1215 个关系或覆盖 1371 个 PubMed ID 的边连接起来，以生物表达语言表达，并以包括 XGMML 和 .xls 在内的计算机可读格式提供。