转录组学：开放获取
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受嗜水气单胞菌攻击的受威胁喜马拉雅雪鳟鱼的差异基因表达

阿肖克塔鲁

雪鳟鱼（Schizothorax richardsonii）是喜马拉雅高海拔地区的特有种，在较宽的温度范围（0-27°C）中生长良好。该物种可作为模式物种来研究冷水鱼种的非生物和生物胁迫反应。在本研究中，我们比较了嗜水气单胞菌攻击 (Ah+) 和模拟攻击 (Ar-) 理查德森沙门氏菌的肝脏转录组。该物种的转录组数据库是使用在 Illumina 2000 测序平台上进行的 RNA 测序（2×100 bp 双端）开发的一系列免疫相关差异表达基因。在从头组装获得的50,453个unigene中，注释了24,464个unigene，其中82个unigene与免疫反应基因相关。有 265 个差异表达的 unigenes（189 个上调，与 Ah 组相比，Ah+ 中 75 个下调。大多数参与细菌发病过程中免疫调节的基因与胞外区、膜完整性、离子结合、信号转导、抗原加工和呈递、MHC I类蛋白复合物等相关。特别是，与免疫反应相关的15个unigenes和9个unigenes与信号转导相关的基因本体术语在细菌攻击组中显着失调。四种免疫基因白细胞介素 1β1、前列腺素内过氧化物合酶 2a 和 2b 以及锚蛋白重复结构域被发现对嗜水气单胞菌非常活跃。本研究初步了解了这种潜在模型鱼在病原体感染期间分子水平上可能发生的变化。大多数参与细菌发病过程中免疫调节的基因与胞外区、膜完整性、离子结合、信号转导、抗原加工和呈递、MHC I类蛋白复合物等相关。特别是，与免疫反应相关的15个unigenes和9个unigenes与信号转导相关的基因本体术语在细菌攻击组中显着失调。四种免疫基因白细胞介素 1β1、前列腺素内过氧化物合酶 2a 和 2b 以及锚蛋白重复结构域被发现对嗜水气单胞菌非常活跃。本研究初步了解了这种潜在模型鱼在病原体感染期间分子水平上可能发生的变化。大多数参与细菌发病过程中免疫调节的基因与胞外区、膜完整性、离子结合、信号转导、抗原加工和呈递、MHC I类蛋白复合物等相关。特别是，与免疫反应相关的15个unigenes和9个unigenes与信号转导相关的基因本体术语在细菌攻击组中显着失调。四种免疫基因白细胞介素 1β1、前列腺素内过氧化物合酶 2a 和 2b 以及锚蛋白重复结构域被发现对嗜水气单胞菌非常活跃。本研究初步了解了这种潜在模型鱼在病原体感染期间分子水平上可能发生的变化。特别是，15个与免疫反应相关的unigenes和9个与信号转导基因本体术语相关的unigenes在细菌攻击组中显着失调。四种免疫基因白细胞介素 1β1、前列腺素内过氧化物合酶 2a 和 2b 以及锚蛋白重复结构域被发现对嗜水气单胞菌非常活跃。本研究初步了解了这种潜在模型鱼在病原体感染期间分子水平上可能发生的变化。特别是，15个与免疫反应相关的unigenes和9个与信号转导基因本体术语相关的unigenes在细菌攻击组中显着失调。四种免疫基因白细胞介素 1β1、前列腺素内过氧化物合酶 2a 和 2b 以及锚蛋白重复结构域被发现对嗜水气单胞菌非常活跃。本研究初步了解了这种潜在模型鱼在病原体感染期间分子水平上可能发生的变化。在细菌攻击组中，15个与免疫反应相关的unigenes和9个与信号转导基因本体术语相关的unigenes显着失调。四种免疫基因白细胞介素 1β1、前列腺素内过氧化物合酶 2a 和 2b 以及锚蛋白重复结构域被发现对嗜水气单胞菌非常活跃。本研究初步了解了这种潜在模型鱼在病原体感染期间分子水平上可能发生的变化。在细菌攻击组中，15个与免疫反应相关的unigenes和9个与信号转导基因本体术语相关的unigenes显着失调。四种免疫基因白细胞介素 1β1、前列腺素内过氧化物合酶 2a 和 2b 以及锚蛋白重复结构域被发现对嗜水气单胞菌非常活跃。本研究初步了解了这种潜在模型鱼在病原体感染期间分子水平上可能发生的变化。