蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

用于二维凝胶电泳的新型自动化机器 Auto2D 的评估

Yuki Tani、Takashi Tajima、Akira Kawai、Yutaka Unuma、Hideki Kinoshita 和 Tadashi Kondo

二维凝胶电泳（2D-PAGE）是蛋白质表达研究的常用技术。荧光染料在2D-PAGE中的应用，即2D-DIGE，提高了2D-PAGE在灵敏度、重现性和通量方面的性能。然而，2D-PAGE 仍然需要一定程度的技巧，并且相当耗时。最近，开发了一种新型自动化 2D-PAGE 机器 Auto2D，用于传统的蛋白质表达研究。在这里，我们从蛋白质组覆盖率、重现性和吞吐量的角度检查了 Auto2D for 2D-DIGE 的性能。我们发现骨肉瘤细胞的单个 2D 图像包含 521 个蛋白点。通过运行相同的样本，我们发现系统重现性很高，超过 409 个蛋白质点的强度分散在实验之间差异的 2 倍范围内，相关系数至少为 0.60。我们还发现，一次 2D-PAGE 运行需要 140 分钟，每天可以运行 3 次凝胶。我们的结论是 Auto2D 可用于传统的蛋白质表达研究。另一方面，由于观察到的蛋白质数量非常有限，并且每台设备每天只能运行三块凝胶，因此 Auto2D 可能不适合大规模蛋白质组研究。