蛋白质组学与生物信息学杂志
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通过基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱法对根瘤菌进行鉴定和分类

瑞宗嘉、张荣娟、庆伟、陈文峰、赵一奎、陈文欣、李庆晓

质谱 (MS) 已广泛用于特异性、灵敏和快速的蛋白质分析，并在细菌鉴定和表征方面显示出巨大的潜力。以四种根瘤菌和大肠杆菌DH5α的典型菌株为参比菌，通过基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）优化根瘤菌物种鉴定和分类的各种参数。优化的参数包括培养基状态（液体或固体）、细菌生长阶段、菌落储存温度和持续时间以及蛋白质数据处理，以提高细菌鉴定的分辨率、准确性和可靠性。介质状态对蛋白质谱的质谱影响很小。合适的采样时间是在指数期和稳定期之间。在 4°C 或 21°C 下预生长 14 天的大肠杆菌菌落和预生长 21 天的根瘤菌观察到一致的蛋白质质谱图。基于MALDI-TOF质谱构建了4属75个根瘤菌菌株的树状图，其拓扑模式与16S rDNA系统发育树中的拓扑模式非常吻合。通过盲样评估了开发所有根瘤菌物种质谱数据库的潜力。从样品制备到物种准确鉴定和分类的整个过程大约需要一小时。基于MALDI-TOF质谱构建了4属75个根瘤菌菌株的树状图，其拓扑模式与16S rDNA系统发育树中的拓扑模式非常吻合。通过盲样评估了开发所有根瘤菌物种质谱数据库的潜力。从样品制备到物种准确鉴定和分类的整个过程大约需要一小时。基于MALDI-TOF质谱构建了4属75个根瘤菌菌株的树状图，其拓扑模式与16S rDNA系统发育树中的拓扑模式非常吻合。通过盲样评估了开发所有根瘤菌物种质谱数据库的潜力。从样品制备到物种准确鉴定和分类的整个过程大约需要一小时。