免疫组学研究
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抽象的

免疫球蛋白结构表现出对 CDR 运动的控制

迈克尔·T·齐默尔曼 (Michael T. Zimmermann)、阿里斯·斯克里罗斯 (Aris Skliros)、安杰伊·克洛茨科夫斯基 (Andrzej Kloczkowski) 和罗伯特·L·杰尼根 (Robert L. Jernigan)

使用弹性网络模型的正则模式分析来评估 IgG 结构的运动，以检测铰链、低频模式的主导地位以及最重要的内部运动。我们寻求回答的一个问题是 IgG 铰链运动是否促进抗原结合。我们还评估了蛋白质晶体和堆积对实验温度因素和无序预测的影响。我们发现蛋白质环境对晶体温度因素的影响可能会误导评估 IgG 的特定功能运动。计算抗原结合结构域的运动范围以显示它们的大空间采样。我们得出的结论是，IgG 结构是专门为促进抗原结合结构域的大范围偏移而设计的。正常模式显示能够通过计算评估铰链运动和结构的空间采样。当我们考虑低频模式的主导地位和内部运动的程度时，抗原结合环和主铰链的行为似乎与结构的其余部分相似。完整的 IgG 结构具有比单个 Fab 结构域更低的光谱维度，这表明通过抗体比通过每个结构域更有效的信息传输。这支持了以下主张：IgG 结构是专门构建的，通过将抗原结合环的运动与大规模铰链运动耦合来促进抗原结合。当我们考虑低频模式的主导地位和内部运动的程度时，抗原结合环和主铰链的行为似乎与结构的其余部分相似。完整的 IgG 结构具有比单个 Fab 结构域更低的光谱维度，这表明通过抗体比通过每个结构域更有效的信息传输。这支持了以下主张：IgG 结构是专门构建的，通过将抗原结合环的运动与大规模铰链运动耦合来促进抗原结合。当我们考虑低频模式的主导地位和内部运动的程度时，抗原结合环和主铰链的行为似乎与结构的其余部分相似。完整的 IgG 结构具有比单个 Fab 结构域更低的光谱维度，这表明通过抗体比通过每个结构域更有效的信息传输。这支持了以下主张：IgG 结构是专门构建的，通过将抗原结合环的运动与大规模铰链运动耦合来促进抗原结合。