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水稻乙酰羟酸合酶基因的计算机分析、结构建模和系统发育分析

Ubaid Yaqoob、Tanushri Kaul 和 Irshad Ahmad Nawchoo

乙酰羟酸合酶(EC 2.2.1.6)或乙酰乳酸合酶(ALS)属于二磷酸硫胺素(TPP)依赖性酶家族，其催化必需氨基酸-异亮氨酸、亮氨酸和缬氨酸生物合成中的第一个反应。乙酰羟酸合酶 (AHAS) 存在于植物、藻类、真菌和细菌中，被发现是多种除草剂的重要靶标。我们利用拟南芥的结构揭示了OsAHAS蛋白的同源模型AHAS（PDB ID：3E9Y）作为模板。通过PROCHECK、ProSA、RMSD和Verify3D对所得模型结构进行精修，表明模型结构可靠，与模板的氨基酸序列一致性为76%。RMSD (1.75Å)、Verify3D (86.02%)、Z 分数 (-9.55) 和 Ramachandran 图分析表明 81.6% 的氨基酸残基的构象位于最有利的区域内。构建的系统发育树揭示了基于 AHAS 的细菌、真菌、藻类和植物的不同聚类。来自不同生物体的这些 AHAS 蛋白质序列的多重序列比对显示，不同延伸段的保守区域在氨基酸残基方面具有同源性。通过基序分析，发现所有 AHAS 蛋白中都存在保守的 AHAS 结构域，表明其在细胞和代谢功能中可能发挥作用。