蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

强突变GC压力影响下α-疱疹病毒蛋白质组简化的主要途径

弗拉迪斯拉夫·V·赫鲁斯塔列夫和尤金·V·巴尔科夫斯基

氨基酸的简化GC含量高于60%的基因编码的单纯病毒和水痘病毒蛋白在强突变压力的影响下发生含量分布。我们通过对十种完全测序的单纯病毒和水痘病毒的所有蛋白质中氨基酸含量分布的香农熵进行计算机计算，证明了这一说法。由于GARP（甘氨酸、丙氨酸、精氨酸和脯氨酸）使用量的增加，氨基酸含量分布的熵降低，不仅是FYMINK（苯丙氨酸、酪氨酸、蛋氨酸、异亮氨酸、天冬酰胺和赖氨酸）的减少，而且其他氨基酸也减少（由具有平均 GC 含量的密码子编码）用法。苏氨酸、丝氨酸、在G+C高于60%的基因编码的蛋白质中，谷氨酰胺和半胱氨酸经常被GARP取代（苏氨酸和丝氨酸主要被丙氨酸取代，而谷氨酰胺和组氨酸主要被精氨酸取代）。仅在 G+C 高于 80% 的基因编码的蛋白质中，半胱氨酸、缬氨酸和亮氨酸经常被 GARP 取代，这可能是因为这些取代的激进性较高。即使在 G+C 高于 80% 的基因编码的蛋白质中，色氨酸、谷氨酸和天冬氨酸的水平也不会在 GC 压力的影响下降低。