蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

De Novo 测序算法的开发方法

苏珊·威廉姆斯

从头肽测序是质谱分析中通过串联质谱测定肽氨基酸序列的方法。为了研究蛋白质的生物活性，了解蛋白质消化物中肽的氨基酸序列至关重要。过去使用埃德曼降解过程来实现这一点。使用串联质谱仪解决肽测序问题现在更加广泛。一般来说，使用两种方法：数据库搜索和从头测序。数据库搜索是一种简化形式，其中提交未知肽的质谱数据并进行处理以查找与已知肽序列的匹配，并选择具有最高匹配分数的肽。由于它只能与数据库中现有的序列进行匹配，因此该方法无法识别新的肽。从质谱中分配碎片离子称为从头测序。为了进行解释，使用了许多算法，并且大多数仪器都配备了从头测序应用程序。