蛋白质组学与生物信息学杂志
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通过 MALDI-TOF 质谱法鉴定人肝微粒体蛋白的 SDS-PAGE 凝胶切片方法的优化

Natalia A Petushkova、Olesya V Larina、Aleksey L Chernobrovkin、Oksana P Trifonova、Yulia S Kisrieva、Andrey V Lisitsa、Irina I Karuzina、Irina I Karuzina 和 Alexander I Archakov

蛋白质组学通常利用将 SDS-PAGE 凝胶泳道顺序切割成切片，然后通过肽质量指纹 (PMF) 鉴定蛋白质。本文研究了切片厚度对蛋白质鉴定的影响。分离人肝微粒体部分后，将 37 至 75 kDa 范围的凝胶泳道切成 20 或 40 个厚度分别为 0.5 mm 和 0.25 mm 的切片。通过 MALDI-TOF 质谱法对胰蛋白酶分解后的蛋白质进行鉴定。切片厚度减少两倍并不影响 PMF 光谱中的峰数。已确定，在 0.15 Da 的公差下，40 个切片系列中鉴定的蛋白质数量超过 20 个切片系列中鉴定的蛋白质数量的两倍多。