蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

使用优化拓扑预测细菌蛋白（群体感应控制阻遏物-铜绿假单胞菌）的三态二级结构

Sangeetha Balashanmugam1*、Saravanan K2、Guru Prasad L3、Sivakumar S4

响应细胞群体密度变化而进行的基因表达调节被称为群体感应（QS）。铜绿假单胞菌利用 QS 控制人类基因转录。因此分析铜绿假单胞菌的结构特征十分必要。蛋白质的二级结构已被确定为一级序列的物理过程，折叠成功能性三级结构，使蛋白质能够参与生命科学的生物事件。从相关氨基酸序列预测蛋白质二级结构在生物信息学中很重要，这对于基于机器学习的算法来说是一项具有挑战性的任务。尽管利用神经网络预测蛋白质二级结构是一种创新方法，在网络制定时它很复杂。为了克服这个问题，可以利用学习算法来训练突触权重。因此，在这项工作中，通过采用PSO调谐神经网络获得了QscR蛋白（铜绿假单胞菌（PDB ID：3 szT））的二级结构分析。它预测了QscR蛋白的3态二级结构。该算法得到了预测具有更高准确度的单一蛋白质结构域。