蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

基于氢键预测顺铂和转铂的蛋白质-配体结合位点

弗拉维奥·阿尔梅达·库维洛·多斯·安霍斯和马诺埃尔·维克托·弗鲁图索·巴里翁努沃

铂化合物对于治疗多种恶性肿瘤非常重要。然而，铂结合位点的预测非常困难。然而，与铂化合物结合的离去基团的水解在将铂递送至目标分子方面发挥着重要作用。在此，一项计算机研究提供了对顺铂和转铂三维结构的原子水平分子表面及其结合位点的理解，以便为药物设计提供一些见解。这项工作的目标是实施一种基于几何和物理化学参数的新方法，使用图形处理单元 (GPU) 的并行计算算法来寻找铂结合位点。通过分析五种已知蛋白质中的铂结合位点，对这些算法进行了测试和验证。结果表明，这些结合位点的预测取得了巨大成功。在我们的分析中，HexServer 和 PatchDock 服务器没有找到顺铂和转铂的假定结合位点，正如我们在五种选定的蛋白质中发现的那样。在此，我们表明本方法比 HexServer 和 PatchDock 方法具有更好的铂结合位点预测能力。