蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

使用多类线性判别分析对具有主干扭转特征的蛋白质折叠进行分类

Se-Eun Bae、Sunghoon Jung、Insung Ahn 和 Hyeon S Son

蛋白质结构的分类为进一步详细的理论分析提供了初步信息。蛋白质折叠的分类信息可用于结构比对，而折叠类别预测可能有助于蛋白质结构的从头预测。在这里，利用基于扭转角的二级结构谱库和多类线性判别分析来预测蛋白质的结构折叠类别。采用All-versus-all方法来规避one-versus other方法的数据不平衡问题。根据非冗余结构文件，构建了三肽二级结构谱库并用于计算蛋白质折叠的可能二级结构含量。训练集参考类的均值和协方差矩阵是使用该库导出的。基于此信息，使用多类线性判别分析预测测试集蛋白质的折叠类别。由于错误率低，结果非常准确。这种高度准确的折叠类别预测可能会进一步用于二级结构预测的应用，从而利用更大的检查窗口的优势。局部结构分析中扭转角表示的适当性也得到了部分证明。这种高度准确的折叠类别预测可能会进一步用于二级结构预测的应用，从而利用更大的检查窗口的优势。局部结构分析中扭转角表示的适当性也得到了部分证明。这种高度准确的折叠类别预测可能会进一步用于二级结构预测的应用，从而利用更大的检查窗口的优势。局部结构分析中扭转角表示的适当性也得到了部分证明。