植物生物化学与生理学杂志
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使用 Illumina 双端测序和发现简单序列重复标记对兜兰兰花的棋盘格和绿叶进行转录组分析

李东，尹华，赵春，朱刚，陆芳

基于下一代测序的转录组分析可以定量比较不同物种的基因表达。使用 Illumina 测序，我们分别从 Paphiopedilum concolor tessellated 叶子和 Paphiopedilum hirsutissimum 绿叶中生成了总共 35.7 和 3010 万个长度为 100 bp 的双端读数。从头组装产生了 68,602 和 54,273 个单基因，每个物种叶子的平均长度分别为 844 和 874 bp。基于已知蛋白质序列的 BLAST 搜索，注释了来自 P. concolor 的 46.6% unigenes 和来自 P. hirsutissimum 的 48.6% unigenes。基因本体论，直系同源簇基因组和京都基因百科全书和基因组注释显示，两种兜兰属植物叶子的转录本功能涵盖了类似广泛的分子功能、生物过程和代谢途径。两种兜兰属植物叶片之间的基因表达谱分析显示，共有1,544个基因存在明显差异表达。为了确认差异表达结果，通过实时定量PCR分析了8个选定基因的表达谱。转录本差异分析和叶片内部形态对两种兜兰属植物叶子的观察表明，叶绿体、细胞质、类囊体膜、胞外区和细胞核相关基因可能在两种兜兰属植物叶子的进化过程中发挥着至关重要的作用。最终鉴定出8,523个潜在的EST-SSR，获得了6,210个SSR的7,864对引物对。该研究为了解兜兰叶片在进化适应过程中的形成机制提供了有价值的线索，并为我们为兜兰植物的新基因发现和标记辅助研究提供了大量的叶片序列资源。