蛋白质组学与生物信息学杂志
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氯仿辅助蛋白质分离方法，随后采用毛细管 NanoLC-MS 鉴定 MCF7 细胞中的雌激素调节蛋白质

Adaikkalam Vellaichamy、Chin-Yo Lin、Thin Thin Aye、Govindarajan R. Kunde、Alexey I. Nesvizhskii、Edison T. Liu 和 Siu Kwan Sze

最常见报道的非商业蛋白质分离方法需要使用去污剂和/或离液剂以获得更高的产量，并且它们都需要额外的纯化或清理步骤以进行后续的质谱分析。此外，没有简单的程序可用于从同一样品中同时获得可溶性蛋白和膜蛋白。在这里，我们描述了一种用于哺乳动物细胞和组织的简单且无去污剂的氯仿辅助蛋白质分离（ChlAPI）方法，并证明了其适用于基于质谱的蛋白质组分析。在这种单步方法中，将培养的细胞或接地的组织与碳酸氢铵缓冲液中的 10% 氯仿混合，将全细胞蛋白质组分离成双相层。通过 2DE 评估，水相蛋白质的总数与使用常用的含有去污剂的缓冲液分离的蛋白质相当。通过 LC-MS/MS 对 MCF7 细胞的水相和有机相蛋白质组组分进行鸟枪式蛋白质组学分析，结果分别从 IPI 人类蛋白质数据库中鉴定出总共 752 种和 593 种蛋白质。在总共 1134 个不同且非冗余的蛋白质中，预计 29.5% 是膜定位的；其中78%是从有机相部分中鉴定出来的。将这种新方法应用于雌激素处理的 MCF 细胞，可以鉴定出先前已知和未知的雌激素反应基因产物。这些发现表明，本文描述的简单且廉价的 ChlAPI 方法适用于从哺乳动物样品中分离蛋白质，并且易于与 2DE 和 LC-MS/MS 分析兼容。