免疫组学研究
开放获取

抽象的

两种 T 细胞表位作图方法的比较：体外“无细胞”与免疫信息学

蒂莫西·J·梅西特、弗朗西斯·特里、伦纳德·莫伊兹、威廉·马丁、安妮·S·德格鲁特

背景

识别生理相关 T 细胞表位的方法对于疫苗的开发和治疗性蛋白质的设计至关重要。随着正在评估推定免疫原性的蛋白质数量的增加，对快速、准确的工具的需求量很大。已经开发出多种识别 T 细胞表位的方法，其中最新的方法是无细胞系统，该系统由与 HLA DRB1*0101、HLA-DM 和全抗原一起孵育的最小蛋白酶组组成。使用质谱法对 HLA 结合肽进行分离和测序，可以前瞻性地鉴定免疫显性 T 细胞表位。

结果

我们在这里将这种无细胞体外抗原处理系统与使用 EpiMatrix 算法的免疫信息学方法进行比较。我们的比较表明，除了识别一组与无细胞系统相似的表位外，免疫信息学方法还可以前瞻性地识别更多的 HLADRB1*0101 表位，并可以同时分析多个 HLA 等位基因。结论 虽然无细胞系统结合了抗原处理和 MHC 结合，但免疫信息学方法能够以非常高的准确度识别许多经过验证的表位，并且可以用更少的资源更快地执行。