免疫组学研究
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抽象的

生成 MHC 结合基序的计算管道

王鹏、约翰·西德尼、亚历山德罗·塞特、比约恩·彼得斯

背景：主要组织相容性复合物 (MHC) I 类分子通过向 CD8+ T 细胞呈递肽抗原，在宿主针对病原体的免疫中发挥关键作用。MHC 分子存在多种变体，每种变体对某些肽配体都有独特的偏好。实验方法和计算算法均已用于分析这些肽 MHC 结合特征。传统上，MHC 结合特异性是根据结合基序来描述的。此类基序根据其对结合的影响将某些肽位置分类为主要和次要锚点，并列出这些位置处的首选残基和有害残基。这提供了 MHC 结合特异性的简洁且易于沟通的总结。然而，到目前为止，还没有算法能够以自动化且统一的方式生成此类结合图案。结果：在本文中，我们提出了一个计算管道，它将肽 MHC 结合数据作为输入，并生成简洁的 MHC 结合基序。我们在一组 18 个 MHC I 类分子上测试了我们的流程，并表明衍生的基序与历史专家的任务一致。结论：我们已经实现了一个正式编码规则以生成 MHC 结合基序的管道。该管道已被纳入免疫表位数据库和分析资源 (IEDB)，并且在浏览 IEDB 中的 MHC 等位基因时可以可视化基序。我们在一组 18 个 MHC I 类分子上测试了我们的流程，并表明衍生的基序与历史专家的任务一致。结论：我们已经实现了一个正式编码规则以生成 MHC 结合基序的管道。该管道已被纳入免疫表位数据库和分析资源 (IEDB)，并且在浏览 IEDB 中的 MHC 等位基因时可以可视化基序。我们在一组 18 个 MHC I 类分子上测试了我们的流程，并表明衍生的基序与历史专家的任务一致。结论：我们已经实现了一个正式编码规则以生成 MHC 结合基序的管道。该管道已被纳入免疫表位数据库和分析资源 (IEDB)，并且在浏览 IEDB 中的 MHC 等位基因时可以可视化基序。