蛋白质组学与生物信息学杂志
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通过 LC-MS/MS 分离粪便样品外膜囊泡并进行蛋白质组学分析的方法

Jing Wu、Mingrui An、Jianhui Zhu、Zhijing Tan、Grace Y. Chen、Ryan W Stidham 和 David M. Lubman

外膜囊泡 (OMV) 是由细菌分泌的纳米级球体，类似于大多数哺乳动物细胞类型分泌的称为外泌体的囊泡。与许多专注于优化从生物液体中富集外泌体的方法的研究相比，很少有研究来研究粪便样本中的外膜囊泡。在此，我们开发了一种由膜过滤和多次超速离心 (UC) 循环组成的管道，用于从粪便样本中分离 OMV 以进行蛋白质组学分析，其中需要多次超速离心循环来去除污染物。通过 iTRAQ 标记定量蛋白质组学分析，比较了不同尺寸的过滤器（0.22 μm 和 0.45 μm）在富集 OMV 和消除背景粪便物质方面的性能。使用0.45μm滤光片，与 0.22 μm 过滤器相比，获得了略高的蛋白质产量，但没有发现来自细菌的额外污染蛋白质。因此，0.45 μm 过滤器与 UC 的多个循环一起用于分离 OMV 以进行蛋白质组学分析。据我们所知，这是第一项从粪便样本中分析大量 OMV 蛋白的研究。这种能力可能有助于为了解宿主和微生物群之间的沟通提供有价值的信息，这对于预防癌症和疾病的发展至关重要。这是第一项从粪便样本中分析大量 OMV 蛋白的研究。这种能力可能有助于为了解宿主和微生物群之间的沟通提供有价值的信息，这对于预防癌症和疾病的发展至关重要。这是第一项从粪便样本中分析大量 OMV 蛋白的研究。这种能力可能有助于为了解宿主和微生物群之间的沟通提供有价值的信息，这对于预防癌症和疾病的发展至关重要。