临床和细胞免疫学杂志
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印度西北部高危人群中 HIV 传播模式的系统基因组学分析

Chandar Kanta Chauhan、PVM Lakshmi1、Phulen Sarma、Vivek Sagar、Aman Sharma、Sunil K.Arora、Rajesh Kumar*

背景：分子技术可以增强流行病学调查追踪艾滋病毒传播网络的能力。这些信息可能有助于制定预防艾滋病毒传播的策略。因此，我们使用系统基因组学方法对印度西北部高危人群 (HRG) 中新诊断的艾滋病毒病例的传播模式进行了研究。

方法：使用限制抗原亲和力测定法，对通过近期感染检测算法 (RITA) 识别的 37 个随机选择的近期感染 HRG 样本进行系统基因组学分析。扩增 pol 基因的逆转录酶区域 (540 个碱基对) 并进行测序。从 HIV Los Alamos 数据库中提取参考序列。根据 pol 序列的系统基因组学分析确定 Clustal W 比对的序列和 HIV-1 亚型。使用 MEGA (版本 11.0) 构建系统发育树。

结果：系统发育清楚地表明，研究分离株 RTFSWCHD 和 RTFSWPB007 与印度参考序列 AY746371 和 EU683781 以及尼泊尔序列 KX430115 聚类且相关。其他研究分离株（RTFSWCHD001、RTFSWPB005、RTFSWCHD002、RTFSWPB006、RTFSWHR008、RTFSWHR009）彼此之间聚类独特，与其他参考序列没有任何关联。一个研究分离株（RTFSWHP004）与津巴布韦分离株 AY998351 聚类紧密。系统发育表明，研究分离株 MSMCHD005 与印度参考文献（DQ838761、EU683781 和 AY746371）分开进化枝，但与来自中国（HG421606、JQ658754）、尼泊尔（JN023039）和缅甸（N223216、JN223183、KC913773）的参考文献也非常接近。其他研究分离株（MSMCHD003、MSMHP007、MSMCHD004、MSMPB001、MSMPB002 和 MSMHR006）彼此之间高度相关，并共同形成一个独立的独特进化枝。进化树显示，当前研究的所有序列都形成了单系谱系，即来自印度的序列比来自任何其他国家的序列聚集在一起的程度更高。研究序列仅与尼泊尔参考文献 KX430115 和 JN023035 相关。南非、英国、挪威、中国和缅甸参考文献被归入一个单独的进化枝。

结论：分子流行病学方法能够揭示传播网络；因此，系统基因组学方法可用于艾滋病毒哨点监测以监测传播网络。