抗病毒与抗逆转录病毒杂志
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冠状病毒 Nsp2 RNA 拓扑异构体 I120F 突变体在澳大利亚大量传播，同时伴有 D614G 刺突蛋白突变

阿西特·K·查克拉博蒂

我们之前通过溶血弧菌的氨基酸同源性预测Nsp2冠状病毒蛋白为RNA拓扑异构酶DNA 拓扑异构酶 IA/IV 以及 DNA 引物酶、DNA 旋转酶和双亚基布氏锥虫 DNA 拓扑异构酶 IB。许多 DNA 拓扑异构酶 I/III 具有 RNA 拓扑异构酶活性，这种普遍存在的酶是保守的并参与复制和转录的调节。我们在这里检查了 Nsp2 RNA 拓扑异构酶的突变谱，分析了 >10000 orf 1a 4405 氨基酸长度的冠状病毒多蛋白。通过BLAST搜索选择具有99.84%序列相似性的突变蛋白，并使用CLUSTAL Omega软件分析181-818个氨基酸部分的NsP2蛋白（蛋白ID.QIU82057）。我们发现了 26 种不同的突变，其中大多数变化被选择为异亮氨酸和丙氨酸变为缬氨酸或亮氨酸变为苯丙氨酸，精确定位了冠状病毒 RNA 拓扑异构酶的保守性质。在 I120F（异亮氨酸到苯丙氨酸）处发现了非常丰富的主要无义突变。其他重要突变有 R27C、I198V、T85I、L410F、I559V 和 P583S。I120F 突变在澳大利亚分离株中大量存在，并且在孟加拉国和美国等其他国家也出现了传播。我们认为，Nsp2 拓扑异构酶的丰富 I120F 突变可能通过稳定 RNA 结构以实现有效的病毒包装来增加冠状病毒的传播。有趣的是，此类突变被发现与 Spike 蛋白的 D614G 突变相关，已知该突变可增加 70% 以上的传染性。相反，分析的所有 P583S Nsp2 突变体没有同时出现 D614G 刺突蛋白突变。通过全基因组分析检测到许多沉默突变 (5-7)，但没有检测到 N501Y 刺突蛋白突变。