蛋白质组学与生物信息学杂志
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AlbuVoid™ 与珠上消化相结合 - 应对血清蛋白质组学的挑战

郑海燕、赵彩峰、钱美倩、Swapan Roy、Absari Arpa、Amenah Soherwardy 和 Matthew Kuruc

对于癌症研究来说，血清和血浆是特别有吸引力的样本类型，因为血液采集很常见、简单且侵入性极小。然而，血清样品给 LC-MS 蛋白质组分析带来了独特的挑战。两个最大的挑战是：1) 高丰度的白蛋白约占总蛋白质质量的 50%，2) 蛋白水解抗性，很大程度上是由于大量的糖蛋白，一种表现出蛋白水解抗性的修饰。在这篇简短的报告中，我们描述了使用基于表面/珠子的产品 AlbuVoid™ 的新方法，该产品通过阴性选择或无效策略消耗白蛋白，保留珠子上大量剩余的血清蛋白质组。然后，我们将这种新颖的富集与胰蛋白酶消化直接无缝集成结合起来，通常称为珠上消化的方法。我们将消化时间作为参数进行评估，以确定是否可以通过 LC-MS 分析观察不同的肽和蛋白质亚群。使用 2 个不同的指定消化时间（4 小时和过夜），每个消化时间进行 3 小时梯度 LC-MS 运行，在人类和大鼠血清中观察到 400-500 个总蛋白，并且每个消化时间都可观察到重叠和不同的亚群消化时间。这些结果表明所描述的方法比其他高丰度消耗和溶液内消化工作流程具有更高的效率。我们请求这样的工作流程将最大限度地减少发现和定量血清蛋白质组学应用中蛋白水解的许多不一致性。我们将消化时间作为参数进行评估，以确定是否可以通过 LC-MS 分析观察不同的肽和蛋白质亚群。使用 2 个不同的指定消化时间（4 小时和过夜），每个消化时间进行 3 小时梯度 LC-MS 运行，在人类和大鼠血清中观察到 400-500 个总蛋白，并且每个消化时间都可观察到重叠和不同的亚群消化时间。这些结果表明所描述的方法比其他高丰度消耗和溶液内消化工作流程具有更高的效率。我们请求这样的工作流程将最大限度地减少发现和定量血清蛋白质组学应用中蛋白水解的许多不一致性。我们将消化时间作为参数进行评估，以确定是否可以通过 LC-MS 分析观察不同的肽和蛋白质亚群。使用 2 个不同的指定消化时间（4 小时和过夜），每个消化时间进行 3 小时梯度 LC-MS 运行，在人类和大鼠血清中观察到 400-500 个总蛋白，并且每个消化时间都可观察到重叠和不同的亚群消化时间。这些结果表明所描述的方法比其他高丰度消耗和溶液内消化工作流程具有更高的效率。我们请求这样的工作流程将最大限度地减少发现和定量血清蛋白质组学应用中蛋白水解的许多不一致性。使用 2 个不同的指定消化时间（4 小时和过夜），每个消化时间进行 3 小时梯度 LC-MS 运行，在人类和大鼠血清中观察到 400-500 个总蛋白，并且每个消化时间都可观察到重叠和不同的亚群消化时间。这些结果表明所描述的方法比其他高丰度消耗和溶液内消化工作流程具有更高的效率。我们请求这样的工作流程将最大限度地减少发现和定量血清蛋白质组学应用中蛋白水解的许多不一致性。使用 2 个不同的指定消化时间（4 小时和过夜），每个消化时间进行 3 小时梯度 LC-MS 运行，在人类和大鼠血清中观察到 400-500 个总蛋白，并且每个消化时间都可观察到重叠和不同的亚群消化时间。这些结果表明所描述的方法比其他高丰度消耗和溶液内消化工作流程具有更高的效率。我们请求这样的工作流程将最大限度地减少发现和定量血清蛋白质组学应用中蛋白水解的许多不一致性。这些结果表明所描述的方法比其他高丰度消耗和溶液内消化工作流程具有更高的效率。我们请求这样的工作流程将最大限度地减少发现和定量血清蛋白质组学应用中蛋白水解的许多不一致性。这些结果表明所描述的方法比其他高丰度消耗和溶液内消化工作流程具有更高的效率。我们请求这样的工作流程将最大限度地减少发现和定量血清蛋白质组学应用中蛋白水解的许多不一致性。