蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

细菌和古菌基因组测序的准确基因组岛预测方法

车东升、王瀚、约翰·法泽卡斯和伯纳德·陈

基因组岛（GI）是宿主基因组中的基因组片段，它是从供体基因组转移而来的。由于基因组岛（GI）通常含有致病基因等重要基因，因此GI的检测对于医学研究和工业应用变得极其重要。以前的计算GI检测工具使用一个或几个GI相关特征，因此存在预测精度低的问题。因此，迫切需要一种使用多个来源来提高 GI 预测准确性的系统方法。在本文中，我们报告了 Genomic Island Hunter (GIHunter) 的开发，这是一种用于 GI 检测的精确软件工具。GIHunter 是一种基于决策树的装袋模型，它使用八个 GI 相关特征，例如序列组成、移动基因信息和整合酶。我们的方法和其他现有的 GI 预测方法之间的性能指标比较表明，我们的方法比其他方法更准确。我们已经使用 GIHunter 预测了 2000 多个原核生物基因组中的 GI。我们还可视化了预测的 GI，以便我们的预测结果对生物医学研究变得有用且有意义。我们的 GI 程序 GIHunter 可以从以下网址获取：http://www.esu.edu/cpsc/che_lab/software/GIHunter。我们的 GI 预测结果可在我们的基因组岛数据库中找到，该数据库为：http://www5.esu.edu/cpsc/bioinfo/dgi。我们还可视化了预测的 GI，以便我们的预测结果对生物医学研究变得有用且有意义。我们的 GI 程序 GIHunter 可以从以下网址获取：http://www.esu.edu/cpsc/che_lab/software/GIHunter。我们的 GI 预测结果可在我们的基因组岛数据库中找到，该数据库为：http://www5.esu.edu/cpsc/bioinfo/dgi。我们还可视化了预测的 GI，以便我们的预测结果对生物医学研究变得有用且有意义。我们的 GI 程序 GIHunter 可以从以下网址获取：http://www.esu.edu/cpsc/che_lab/software/GIHunter。我们的 GI 预测结果可在我们的基因组岛数据库中找到，该数据库为：http://www5.esu.edu/cpsc/bioinfo/dgi。