免疫组学研究
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分枝杆菌相关表位知识分析

Martin J Blythe、Qing Chang、Kerrie Vaughan、Romulo de Castro Jr、Nima Salimi、Huynh-Hoa Bui、David M Lewinsohn、Joel D Ernst、Bjoern Peters 和 Alessandro Sette

背景：结核病由结核分枝杆菌引起，仍然是传染病发病率和死亡率的主要原因，每年导致超过 200 万人死亡。关于极度耐药（XDR）菌株的报告进一步增强了制定预防和治疗结核病新策略的紧迫感。对免疫反应识别的表位的详细了解有助于疫苗和诊断的开发，并为基础研究提供重要工具。对结核分枝杆菌对应的表位数据的分析还可以确定我们知识中的差距，并提出进一步研究和发现的潜在领域。免疫表位数据库 (IEDB) 主要根据文献来源编制，描述了广泛的来源生物体，包括 M. 结核病和其他分枝杆菌物种。描述：对有关分枝杆菌属的 IEDB 数据进行了全面分析。根据抗体/B 细胞和 T 细胞表位的相关识别细胞类型效应子功能和化学特性，对它们的分布进行了分析。还检查了表位所衍生的各种物种、菌株和蛋白质。考虑的其他变量包括定义表位的宿主、与表位识别相关的特定结核病状态，以及与疾病易感性和流行区域相关的 HLA。最后，根据这些结果，生成了分枝杆菌表位的标准化参考数据集。结论：首次从已发表的文献中对当前所有结核病相关表位数据进行编目。由此产生的一千多个不同表位的清单应该被证明是广大科学界的有用工具。还确定了结核病表位数据特有的知识差距。总之，很少有非肽或翻译后修饰的表位被定义。最重要的是，表位显然仅由所有 ORF 的 7% 定义，而研究最频繁的前 30 种蛋白质抗原包含 65% 的表位，使得结核分枝杆菌基因组的大部分未被探索。还明显缺乏与衍生表位的特定菌株相关的信息。最后，分枝杆菌表位参考列表的生成也应有助于未来的疫苗和诊断研究。由此产生的一千多个不同表位的清单应该被证明是广大科学界的有用工具。还确定了结核病表位数据特有的知识差距。总之，很少有非肽或翻译后修饰的表位被定义。最重要的是，表位显然仅由所有 ORF 的 7% 定义，而研究最频繁的前 30 种蛋白质抗原包含 65% 的表位，使得结核分枝杆菌基因组的大部分未被探索。还明显缺乏与衍生表位的特定菌株相关的信息。最后，分枝杆菌表位参考列表的生成也应有助于未来的疫苗和诊断研究。由此产生的一千多个不同表位的清单应该被证明是广大科学界的有用工具。还确定了结核病表位数据特有的知识差距。总之，很少有非肽或翻译后修饰的表位被定义。最重要的是，表位显然仅由所有 ORF 的 7% 定义，而研究最频繁的前 30 种蛋白质抗原包含 65% 的表位，使得结核分枝杆菌基因组的大部分未被探索。还明显缺乏与衍生表位的特定菌株相关的信息。最后，分枝杆菌表位参考列表的生成也应有助于未来的疫苗和诊断研究。