蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

基于相邻共表达基因的基因本体术语注释蛋白质编码基因的功能

Vu Ha Tran、Ahmad Barghash 和 Volkhard Helms

蛋白质几乎在每个细胞过程中都至关重要，但由于功能测定的实验困难，许多蛋白质仍然没有功能注释。为了解决这个问题，人们开发了许多基于序列同源性、三维结构、基因组背景和基因表达的计算方法来预测蛋白质的功能。在这里，我们测试了一种由细菌操纵子概念激发的新方法的性能。为了预测膜转运蛋白的底物特异性，我们将基于基因组背景的方法与基因本体论和基因表达数据相结合，从而使用支持向量机对基因进行分类。我们发现，在大肠杆菌中，膜转运蛋白的底物特异性可以用约预测。共表达邻近基因的生物学功能的准确度为 90%。在酿酒酵母和智人中，各自的准确度较低，约为 80%。当对大肠杆菌四种代谢类别的酶应用相同的策略时，我们发现准确度较低，分别为 77%（2 类预测）和 68%（4 类预测）。这表明共表达的邻近基因之间功能关联的转移可能是个案特异性的