蛋白质组学与生物信息学杂志
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生物信息学在作物改良中的应用：注释假定的大豆锈病抗性基因 Rpp3 以增强标记辅助选择

Okii D、Chilagane LA、Tukamuhabwa P 和 Maphosa M

尽管DNA序列信息可以在网上免费获得，但挑战是将大量数据转化为可以轻松应用于作物改良计划的知识。本研究的主要目的是注释大豆中的 Rpp3 基因座，以增强作物的标记辅助选择 (MAS)。具体目标是：(i) 对遗传定位在连锁群 (LG) - C2 上且物理位于 6 号染色体上的 Rpp3 基因座进行结构和功能注释，以及 (ii) 生成与 MAS 的锈病抗性相关的新标记。大豆。感兴趣的大豆查询序列从 NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NW_003722736.1) 下载，随后使用一系列生物信息学工具进行分析，以捕获有关 Rpp3 基因特征的信息。该研究发现 DNA 转座子是分析的大豆基因组区域中的主要重复序列。BLASTx 分析预测 16 个非重叠基因与标记 Satt460 紧密连锁，并编码各种功能。基因 1 和 12 都编码结构和酶作用，而基因 13 表明储存蛋白在种子中动员。基因 6、7 和 8 编码转录激活，而基因 10 是转录失活因子。与模式生物有同源性；拟南芥（双子叶植物） 5 号染色体为最佳命中，与 Oryza sativa japonica 的预期值（E 值）为 3e-128，序列同一性为 76% 2 号染色体，Oryza sativa，E 值为 2e-21，序列同一性为 84%序列同一性。设计15个18-24个碱基对的短随机引物序列来扩增Rpp3基因，预测了大豆 6 号染色体中的基因和内含子，但由于经济原因未在研究中得到验证。建议对其他赋予锈病抗性的基因进行类似的研究，以实现有效的基因聚合并缩短大豆育种周期。