免疫组学研究
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基于肽的疫苗设计的 B 细胞表位预测：走向全球健康生物学结果的范例

萨尔瓦多·尤金尼奥·曹伊利

全球卫生必须解决快速发展的疾病负担，因此迫切需要以肽疫苗为代表的通用技术。B 细胞表位预测对于设计此类疫苗至关重要；然而，这种方法迄今为止基本上不成功，促使人们进一步探究其明显不足的根本原因。开发基于肽的疫苗设计的 B 细胞表位预测的两个主要障碍是 (1) 流行的二元分类范式，它要求对连续结果变量进行有问题的二分法，以及 (2) 未能明确模拟免疫的生物学后果与安全性和有效性的实际考虑相关。第一个障碍通过将预测任务重新定义为对抗体-抗原结合的经验可观察生物效应的定量估计来消除，从而使用连续变量而不是二分变量之间的相关性测量来对预测进行基准测试；但是，即使选择基准数据来专门反映抗肽抗体与蛋白质抗原的功能相关交叉反应性（如抗体调节的蛋白质生物活性所证明），这种替代方法本身也无法解决第二个障碍，特别是在只有抗体-抗原的情况下结合实际上被预测为其生物效应的替代。要克服第二个障碍，先决条件是刻意努力先验地预测，从疫苗接种的角度来看，具有直接实际意义的生物学结果。这需要比迄今为止 B 细胞表位预测更广泛、更深入的免疫生物学系统观点。这种观点将有助于理解疫苗设计问题的许多关键但很大程度上被忽视的方面。其中，B 细胞表位之间的免疫优势是一个中心统一主题，它包含了耐受、印记和重新聚焦等免疫现象。但只有根据疾病特异性的病理生理学，它对疫苗设计才有意义，而对于感染过程来说，宿主-病原体的共同进化使这种病理生理学变得复杂。为了更好地支持基于肽的疫苗设计，B 细胞表位预测需要对与安全性和有效性相关的生物学结果进行个性化定量估计。