物理化学与生物物理学杂志
开放获取

抽象的

使用结合位点数据进行转录因子的基因组规模功能分析的偏差

Jair Zhou、李海霞和 R. Krishna Murthy Karuturi

转录因子的基因组规模功能分析是通过使用邻近标准将其基因组结合位点映射到基因，然后对预定义的功能类别（例如 GO 类别）进行富集分析来进行的。它可能导致对转录因子功能的评估出现偏差。鉴于使用该程序进行的大量工作及其简单性和有效性，了解该程序中的偏差及其影响因素非常重要。我们发现这种偏差源于基因长度、基因间区域和基因密度的广泛差异。我们还证明，偏差取决于多种因素，例如接近标准和相关参数的选择以及转录因子结合位点的分布。此外，