免疫组学研究
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抽象的

使用 VIOLIN 对布鲁氏菌疫苗和疫苗靶点进行生物信息学分析

何永群、向左双

背景：布鲁氏菌属 是革兰氏阴性、兼性细胞内细菌，可引起布鲁氏菌病，这是全世界在人类和多种动物物种中发现的最常见的人畜共患疾病之一。虽然有几种动物疫苗可用，但还没有有效且安全的疫苗来预防人类布鲁氏菌病。VIOLIN (http://www.violinet.org) 是一个基于网络的疫苗数据库和分析系统，用于管理、存储和分析已发布的商业化疫苗以及临床试验或研究中的疫苗数据。VIOLIN 包含 454 种疫苗或 73 种病原体候选疫苗的信息。VIOLIN还包含许多用于疫苗数据分析、数据集成和疫苗靶点预测的生物信息学工具。为了证明 VIOLIN 在疫苗研究中的适用性，

结果：VIOLIN 包含许多文献挖掘程序（例如 Vaxmesh），可提供布鲁氏菌疫苗文献的深入分析。经过手动文献整理，VIOLIN 包含来自 97 篇同行评审文章的 38 种布鲁氏菌疫苗或候选疫苗、14 种保护性布鲁氏菌抗原以及 68 项布鲁氏菌疫苗宿主反应研究的信息。这些布鲁氏菌疫苗被分类在疫苗本体（VO）系统中，并用于不同的本体应用。基于网络的 VIOLIN 疫苗目标预测程序 Vaxign 用于预测新的布鲁氏菌疫苗目标。Vaxign 鉴定出 14 种外膜蛋白，这些蛋白在流产布鲁氏菌、羊布鲁氏菌和猪布鲁氏菌的六种强毒菌株中保守，这些菌株对人类具有致病性。在 14 种膜蛋白中，有两种蛋白（Omp2b 和 Omp31-1）不存在于绵羊 B. 中，一种对人类不致病的布鲁氏菌属。使用 VIOLIN 查询系统对存储在 VIOLIN 中的布鲁氏菌疫苗数据进行比较和分析。

结论：布鲁氏菌疫苗的生物信息学管理和本体论表征促进了现有布鲁氏菌疫苗和候选疫苗的分类和分析。布鲁氏菌疫苗靶点的计算预测为合理的疫苗开发提供了更多候选者。VIOLIN 的使用提供了一种通用方法，可用于分析针对其他病原体和感染性疾病的疫苗。