药物设计：开放获取
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加勒比植物作为 SARS-Cov-2 主要蛋白酶、NSP-15 和 RNA 依赖性 RNA 聚合酶 (RdRp) 新型抑制剂的来源

艾莉亚·邓肯 / 尤查拉·玛格森 / 贾达·罗伯茨 / 塔奎纳·巴伦 / 尼拉姆·布克萨尼

据世界卫生组织报告（2020 年 12 月 20 日美国东部时间下午 1:21 获取），Covid-19 大流行在全球范围内造成 74,299,042 例确诊病例，其中 1,669,982 例死亡，是人类当前面临的最具挑战性的情况之一。尽管一些治疗这种灾难性疾病的疫苗已经快速开发出来，但仍然需要探索更具潜力的替代疗法。为了寻找治疗这一流行病的新候选药物，对从加勒比本土药用植物（如芦荟、柠檬草、辣木和木香）中分离出的 125 种化合物进行了基于结构的虚拟筛选研究，以确定它们的抑制潜力针对 SARS CoV-2 的三个主要药物靶点；SARS-CoV-2 的主要蛋白酶 (PDB ID: 6LZE)、nsp 15 (PDB ID: 6WLC) 和 RNA 依赖性 RNA 聚合酶 (PDB ID: 7BV2)。虚拟筛选工作流程是使用薛定谔小分子药物发现套件进行的，其中化合物被制备并对接在所有三种蛋白质的活性位点上。将每种蛋白质的共结晶配体用作阳性对照，并将所有对接分数与其进行比较。与天然配体相比，在 125 种化合物中，有 37 种显示出与蛋白质良好的对接相互作用。13 种化合物对 6LZE 显示出优异的对接分数，其中与天然配体 (-8.095) 相比，最负对接分数 (-11.962) 是芦丁，并且它还显示出更负的 Prime MMGBSA 结合能 - 70.54 kcal/mol。以7BV2为例，35个化合物显示出比天然ramdesivir（-4.566）更好的对接结果，vicinin-2的对接得分（-8.194）最好，它也表现出与复合物几乎相同的结合能（-44.194）。54 Kcal/mol）作为拉姆昔韦。在 6 个 WLC 的情况下，在位点 1 中，荭草素显示出最多的阴性对接核心 (-10.896)，而在位点 2 中獐牙菜素的对接分数为-12.364。还计算了 37 种化合物的药代动力学 (ADME) 特性，以确定潜在抑制剂的药物相似性。这项研究提供了一些可能有助于设计治疗冠状病毒疾病的药物的先导分子。