蛋白质组学与生物信息学杂志
开放获取

抽象的

使用异亮氨酸和赖氨酸氨基酸对蛋白质结构类别进行分类

K. Manikandakumar、K. Gokul Raj、R. Srikumar 和 S. Muthukumaran

探索蛋白质的结构组织对于理解蛋白质折叠机制至关重要和功能，并深入了解蛋白质进化。蛋白质结构比较可以提供有关蛋白质生物学功能的有用信息，并且可以暗示序列相似性较低的蛋白质之间的进化关系。结构生物学和结构基因组学有望在不久的将来产生许多三维蛋白质结构。每个新结构都会引发有关其功能和演变的问题。对于远缘相关的蛋白质来说，对新结构进行正确的功能和进化分类是困难的，并且使用基于序列或结构相似性的简单统计评分容易出错。本研究的目的是使用异亮氨酸 (I) 和赖氨酸 (K) 等关键氨基酸残基对蛋白质结构类别进行分类，这没有任何复杂的数学或统计表示。结构类别的分类基于20种不同氨基酸的分组，仅比较异亮氨酸和赖氨酸氨基酸残基。氨基酸分组与单个氨基酸比较的组合将代表给定蛋白质序列的结构类别。该技术对 40801 个（包括侧链，即链 A、B、1、2 等）蛋白质进行了测试，这些蛋白质属于 67 个不同家族，随机选自全 Alpha、全 Beta、Alpha 加 Beta 和 Alpha by Beta 蛋白质类别仅扁平蛋白一级结构。分类率达到52%的准确率。