医学诊断方法杂志
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遗传性结直肠癌下一代测序小组测试的临床验证

Ferber MJ、Peterson LM、Blommel JH、Fadra NM、Thomas BC 等

背景：下一代测序（NGS）的应用正在彻底改变临床分子诊断行业。当这种情况发生时，验证 NGS 流程的指南是有限的、非具体的且快速发展的。NGS 验证项目复杂且昂贵，因此必须仔细考虑验证实验，同时确保满足所有当前和不断变化的监管要求。

方法：我们验证了 16 基因遗传性结直肠癌 NGS 组合的端到端基因检测流程。全球工作流程旨在为我们 100% 的目标区域提供高质量的测序数据。测试的测定参数包括准确度、精密度、可报告范围、参考范围、分析灵敏度和分析特异性。

结果：通过端到端流程验证，进行了 5 次仪器运行，涵盖 115 个样品。检测的 NGS 部分的总体准确度为 99.98%。单核苷酸变异检测准确率为100%。通过 NGS，插入/删除变异 (INDEL) 检测准确度对于 1 到 8 个核苷酸的 INDEL 为 100%，总体检测准确度为 97%（范围 1 到 14 个核苷酸）。我们的数据集中没有出现假阴性，灵敏度为 100%。

结论：鉴于 NGS 在临床环境中的相对新颖性和快速发展的外部指导，临床实验室必须制定自己的策略来设计、开发、验证和实施 NGS 检测。我们的经验强调了所选择的策略以及 NGS 的一些优点和局限性。