糖类组学与脂质组学杂志
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比较基因组学：从基因组序列到基因组生物学

迈克尔·加尔佩林

基因组生物学旨在利用完整的基因组序列来重建可在目标生物体中运行的所有代谢和信号通路，并识别可能的调控中心和潜在的药物靶点。这种分析需要对每个测序基因组中编码的所有蛋白质进行全面的功能注释。即使在相对较小的原核基因组中，标准序列分析通常也无法为至少三分之一的基因提供（可靠的）功能分配。因此，比较基因组学必须应对数量不断增长的“假设”蛋白质，这些蛋白质的功能仍然未知。本次演讲将讨论使用比较基因组学来提高我们对微生物代谢和信号通路的理解，包括最近一些识别“缺失”酶和预测替代酶变体的例子。它将表明，真正神秘的“保守假设”蛋白质的数量相对较少，特别是在病原菌基因组减少的情况下，这表明它们的大部分细胞功能已经得到解释。相比之下，自由生活的生物体中未表征的基因数量仍然相当大，而且它们的功能仍然模糊。我们目前的假设是，其中许多基因具有“打扫房间”功能，这几乎与看家一样重要，特别是对于需氧细菌和真核细胞而言。