蛋白质组学与生物信息学杂志
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Mtr 同源模型细化技术的比较研究

维韦克·库马尔、黛布拉·迈耶和纳姆里塔·拉尔

Mtr 同源模型需要对未与模板正确对齐的错误区域进行结构细化。在本研究中，对细化方法：LM、MDS、3Drefine、GalaxyRefine 和 FG-MD 进行了比较。误差图显示，使用 LM 时总体品质因数逐渐增加约 96%，而 MDS、GalaxyRefine 和 FG-MD 则突然增加 >90%。对于 LM，结构兼容性下降至约 53%，而对于 MDS 和 GalaxyRefine，结构兼容性则增加至 >74%。Ramachandran 图显示，LM 中受青睐区域中的残基迁移至允许区域和离群区域，这导致离群残基增加了 3.5%。同样，3Drefine 和 FG-MD 也显示异常残留物有所增加。相比之下，在 MDS 和 GalaxyRefine 导致异常残留物减少的情况下，观察到有利区域和离群区域中可用的残留物百分比会迁移到允许区域。此外，在 3Drefine、GalaxyRefine 和 FG-MD 中，相似性评分（如 RMSD、TM-score、MaxSub 评分和 GDT-TS 评分）观察得更好。ProSA z 分数还显示 MDS、3Drefine、GalaxyRefine 和 FG-MD 的蛋白质折叠约为 -8 且稳定。当前的研究是一个原型，描述了所用方法的比较，强调基于 MD 的技术应用于结构细化。GalaxyRefine 和 FG-MD。当前的研究是一个原型，描述了所用方法的比较，强调基于 MD 的技术应用于结构细化。GalaxyRefine 和 FG-MD。当前的研究是一个原型，描述了所用方法的比较，强调基于 MD 的技术应用于结构细化。