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福尔马林固定、石蜡包埋组织中 DNA 提取方法的比较及其对基于实时 PCR 的突变测定的影响

Kiran T Malhotra、Uday Gulati、Bonnie Balzer 和 Helen Y Wu

在这个个性化癌症护理的新时代，体细胞突变的分子检测在许多靶向癌症治疗的治疗决策中发挥着越来越重要的作用。福尔马林固定石蜡包埋组织 (FFPET) 样本仍然是此类检测的典型核酸来源。由于福尔马林固定会损坏核酸，而且许多肿瘤标本都很小，因此获得足够数量的高质量 DNA 进行突变检测可能具有挑战性。考虑到这些分析前的变量，从此类样本类型中分离 DNA 的标准化且经过充分验证的方法的可用性至关重要。我们使用来自一系列肿瘤类型（黑色素瘤、黑色素瘤、甲状腺癌、结直肠癌、肺癌、乳腺癌和卵巢癌），并检查了不同 DNA 分离方法对随后基于实时 PCR 的 BRAF、KRAS 和 EGFR 突变检测性能的影响。尽管这两种方法给出的核酸量相当，但通过比较 RNase 处理前后的 DNA 产量确定，cobas 方法共纯化的 RNA 明显较少 (p<0.001)。在基于实时 PCR 的突变测试中，提取的 DNA 中 RNA 的存在与阈值循环 (Ct) 延迟相关。cobas 方法始终能够在各种肿瘤类型和样本大小中产生足够数量的纯化 DNA，用于实时 PCR 突变检测测试，无需额外的 RNase 处理步骤 和卵巢癌），并检查了不同 DNA 分离方法对随后基于实时 PCR 的 BRAF、KRAS 和 EGFR 突变检测性能的影响。尽管这两种方法给出的核酸量相当，但通过比较 RNase 处理前后的 DNA 产量确定，cobas 方法共纯化的 RNA 明显较少 (p<0.001)。在基于实时 PCR 的突变测试中，提取的 DNA 中 RNA 的存在与阈值循环 (Ct) 延迟相关。cobas 方法始终能够在各种肿瘤类型和样本大小中产生足够数量的纯化 DNA，用于实时 PCR 突变检测测试，无需额外的 RNase 处理步骤 和卵巢癌），并检查了不同 DNA 分离方法对随后基于实时 PCR 的 BRAF、KRAS 和 EGFR 突变检测性能的影响。尽管这两种方法给出的核酸量相当，但通过比较 RNase 处理前后的 DNA 产量确定，cobas 方法共纯化的 RNA 明显较少 (p<0.001)。在基于实时 PCR 的突变测试中，提取的 DNA 中 RNA 的存在与阈值循环 (Ct) 延迟相关。cobas 方法始终能够在各种肿瘤类型和样本大小中产生足够数量的纯化 DNA，用于实时 PCR 突变检测测试，无需额外的 RNase 处理步骤 尽管这两种方法给出的核酸量相当，但通过比较 RNase 处理前后的 DNA 产量确定，cobas 方法共纯化的 RNA 明显较少 (p<0.001)。在基于实时 PCR 的突变测试中，提取的 DNA 中 RNA 的存在与阈值循环 (Ct) 延迟相关。cobas 方法始终能够在各种肿瘤类型和样本大小中产生足够数量的纯化 DNA，用于实时 PCR 突变检测测试，无需额外的 RNase 处理步骤 尽管这两种方法给出的核酸量相当，但通过比较 RNase 处理前后的 DNA 产量确定，cobas 方法共纯化的 RNA 明显较少 (p<0.001)。在基于实时 PCR 的突变测试中，提取的 DNA 中 RNA 的存在与阈值循环 (Ct) 延迟相关。cobas 方法始终能够在各种肿瘤类型和样本大小中产生足够数量的纯化 DNA，用于实时 PCR 突变检测测试，无需额外的 RNase 处理步骤 在基于实时 PCR 的突变测试中，提取的 DNA 中 RNA 的存在与阈值循环 (Ct) 延迟相关。cobas 方法始终能够在各种肿瘤类型和样本大小中产生足够数量的纯化 DNA，用于实时 PCR 突变检测测试，无需额外的 RNase 处理步骤 在基于实时 PCR 的突变测试中，提取的 DNA 中 RNA 的存在与阈值循环 (Ct) 延迟相关。cobas 方法始终能够在各种肿瘤类型和样本大小中产生足够数量的纯化 DNA，用于实时 PCR 突变检测测试，无需额外的 RNase 处理步骤