蛋白质组学与生物信息学杂志
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柯萨奇病毒 B3 RNA 聚合酶阿米洛利类似物抑制剂的计算分析

杰西卡·K·霍利恩、埃琳娜·V·加齐纳、罗伯特·W·埃利奥特、贝文·贾洛特、克雷格·E·卡梅伦、斯宾塞·J·威廉姆斯、迈克尔·W·帕克和史蒂文·彼得鲁

柯萨奇病毒 B3 (CVB3) 是一种小核糖核酸病毒，是导致大部分人类心肌炎的原因。然而，目前尚无抗病毒治疗可用于治疗这种疾病或实际上任何小核糖核酸病毒感染。此前已有研究表明，阿米洛利及其衍生物 5-(N-乙基-N-异丙基)阿米洛利可抑制 CVB3 RNA 聚合酶 (3Dpol) 的体外酶活性。在这里，我们测量并比较了十种阿米洛利类似物对 CVB3 3Dpol 的抑制活性。我们发现，阿米洛利的 3,5-二氨基吡嗪基部分的取代会导致抑制活性的丧失，而 5-氨基和胍基的修饰会增加或减少效力。重要的是，5-氨基和胍基的取代组合产生的化合物比其单独修饰的前体更有效。这些化合物通过计算对接到 CVB3 3Dpol 的可用晶体结构中，以获得类似物活性的结构解释。为了创建一个解释生物活性的稳健模型，需要优化 CVB3 3Dpol 晶体结构之一以考虑活性位点灵活性，并使用两种不同对接算法的共识对接。这种强大的预测性 3D 原子模型提供了对抑制剂结合所需相互作用的深入了解，并为开发针对这一重要治疗靶点的更有效的抑制剂提供了有希望的基础。为了创建一个解释生物活性的稳健模型，需要优化 CVB3 3Dpol 晶体结构之一以考虑活性位点灵活性，并使用两种不同对接算法的共识对接。这种强大的预测性 3D 原子模型提供了对抑制剂结合所需相互作用的深入了解，并为开发针对这一重要治疗靶点的更有效的抑制剂提供了有希望的基础。为了创建一个解释生物活性的稳健模型，需要优化 CVB3 3Dpol 晶体结构之一以考虑活性位点灵活性，并使用两种不同对接算法的共识对接。这种强大的预测性 3D 原子模型提供了对抑制剂结合所需相互作用的深入了解，并为开发针对这一重要治疗靶点的更有效的抑制剂提供了有希望的基础。