免疫组学研究
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抽象的

基于响应病毒感染的个体表型变异的共调控作图

German Nudelman、葛永超、胡建中、Madhu Kumar、Jeremy Seto、Jamie L Duke、Steven H Kleinstein、Fernand Hayot、Stuart C Sealfon、James G Wetmur

背景：人群中的基因共调控是人类对病毒感染的免疫反应存在巨大差异的一个重要方面。研究它的方法必须依赖于从基因聚类到转录因子富集分析等多种因素。结果：我们开发了一种方法来研究 34 个基因表达的基因与基因相关性，这些基因与来自 145 名人类捐赠者的新城疫病毒 (NDV) 感染的传统树突状细胞 (DC) 的免疫反应相关。基因表达水平在个体之间表现出很大的差异。我们使用成对相关性和多维尺度（MDS）生成了基因共表达图。对这些数据的分析表明，在过滤统计显着变异后留下的 13 个基因中，形成两个簇。我们研究了观察到的相关模式在多大程度上可以通过控制这些基因的转录因子（TF）的共享来解释。我们的分析表明，所有基因对的 MDS 距离和 TF 共享之间存在显着的正相关。我们对在这些基因的启动子区域具有结合位点的 TF 应用富集分析。经过基因本体过滤后，该分析表明存在转录共调节的两个基因簇（CCL5、IFNA1、IFNA2、IFNB1）和（IKBKE、IL6、IRF7、MX1）。为了方便其他研究人员使用我们的方法，我们还开发了一个基于网络的交互式核心调节浏览器工具，称为 CorEx。它允许结合 TF 富集分析来研究 MDS 和数据层次聚类。我们还提供 Web 服务，提供对 MDS、层次聚类和 TF 富集分析的编程访问。结论：基于相关性并结合 TF 富集分析的 MDS 作图代表了一种有用的计算方法，可用于生成整个人群基因共调控的预测。