免疫组学研究
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DC-ATLAS：一种系统生物学资源，用于剖析树突状细胞中受体特异性信号转导

杜乔·卡瓦列里、达马里兹·里韦罗、卢卡·贝尔特拉梅、索尼娅·布肖、恩里卡·卡卢拉、丽莎·里泽托、桑德拉·格萨尼、玛丽亚·C·高齐、沃尔特·里斯、安德烈亚斯·鲍尔、罗伯托·博纳尤蒂、马可·布兰迪兹、卡洛塔·德·菲利波、乌戈·D

背景：系统生物学的出现伴随着通路数据库的蓬勃发展。目前，路径是根据发生反应的器官或细胞类型来一般定义的。反应的细胞类型特异性是免疫学研究的基础，在使用基于途径的分析来破译复杂的免疫学数据集时，捕获这种特异性至关重要。在这里，我们提出了 DC-ATLAS，这是一种新颖且多功能的资源，用于解释产生的扰乱树突状细胞 (DC) 信号网络的高通量数据。结果：使用一种新颖的数据模型，即生物连接标记语言 (BCML) 对通路进行注释，这是一种符合 SBGN 要求的数据格式，旨在存储收集到的大量信息。DCATLAS 应用到对 Toll 样受体家族激动剂刺激的 DC 转录程序进行基于通路的分析，可以综合描述从细胞传感器到功能结果的信息流，捕获激活事件的时间序列通过将在不同时间点发生的反应组分组到明确定义的功能模块中。结论：该举措显着提高了我们对 DC 生物学和监管网络的理解。开发免疫系统的系统生物学方法有望将免疫系统知识转化为更成功的免疫治疗策略。