蛋白质组学与生物信息学杂志
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开发氘化亮氨酸标记免疫沉淀法来分析细胞蛋白复合物

梁淑芳、徐雪姣、路浩杰、杨鹏元

氘化亮氨酸 (Leu-d 3 ) 标记是细胞培养物中氨基酸稳定同位素标记 (SILAC) 的一种，已广泛用于比较和定量蛋白质相对表达。我们扩展了集成免疫沉淀 (IP) 与 SILAC 方法 (SILAC-IP) 的结合，以区分两个细胞群中与诱饵蛋白相关的特异性结合伙伴。通过这种 SILAC-IP 策略，通过跟踪质谱中的 Leu-d 3 标记和未标记肽对来量化已识别的特异性结合蛋白，这可以高度可信地将特异性结合蛋白与非特异性结合蛋白区分开来。我们应用 SILAC-IP 方法来区分人肝细胞癌细胞系 QGY7703 和肝细胞系 QSG7701 中与 14-3-3â 相关的特异性结合蛋白。包括 HSP86、SKB1hs、GADPH 和 MEP50 在内的蛋白质被鉴定为与 QGY7703 细胞中的 14-3-3â 相关，其结合水平高于 QSG7701 细胞中的结合水平。