遗传综合征与基因治疗杂志
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Easychip 8x15k：用于检测低风险妊娠染色体异常、支持和整合标准核型的新工具

维奥拉·阿莱西、劳拉·贝尔纳迪尼、迪迪埃·戈伊丁、米凯拉·卡内斯特雷利、玛丽亚·丽莎·登蒂奇、朱塞佩·巴拉诺、玛丽亚·格拉齐亚·朱弗里达、安娜·玛丽亚·纳尔多内、戴安娜·波斯托里沃、路易吉·莱诺、丽塔·热内西奥、布鲁诺·达拉皮科拉和安东尼奥·诺维利

在过去的十年中，染色体微阵列分析已成为常规测试，但其作为产前诊断的第一层的使用仍然引起争议，特别是在应用于低风险妊娠时。为了限制偶然发现 (IF) 和未知意义变异 (VOUS) 的识别，我们设计了 EasyChip，这是一种低分辨率寡核苷酸阵列 CGH 平台，其功能分辨率在基因组骨架中为 3 Mb，在亚端粒区域中为 300 Kb ，以及 43 个与综合征性疾病相关的区域中的 150 Kb，选择时考虑了发病率、外显率和病因机制。经过“计算机”评估后，我们已在 169 名患者样本上验证了 EasyChip，该评估表明 Easychip 不会发现大部分 VOUS（24% vs 3%）和任何 IF。作为产前诊断过程的一部分，57 个已知不平衡的回顾性样本和 112 个前瞻性样本。在尚未确诊的队列中检测到了所有已知的重排，并检测到了 7 种进一步的致病失衡。为了评估假阳性/阴性率，112 个预期样本中的 38 个也在高分辨率阵列 CGH 上进行了处理，从而可以在诊断效用和对检测率的影响方面比较结果。两个平台均检测到两个阳性和致病性结果。EasyChip 没有检测到高分辨率平台发现的 11 个 VOUS 中的 10 个，也没有检测到 2 个 IF。与核型结合，EasyChip 是产前诊断的有用工具，用于低风险妊娠筛查，它能够检测隐秘的不平衡亚端粒重排，43 个综合征区域内的微缺失/重复，并支持全基因组水平的标准细胞遗传学分析。最后，与更高分辨率的平台不同，该工具显着降低了 VOUS 和 IF 的检出率，这是遗传咨询（特别是低风险妊娠）期间的一个主要缺点，显着减少了分析时间并限制了额外确认的需要。