蛋白质组学与生物信息学杂志
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在 Ion Torrent PGM 测序平台上使用 Hi-Q 酶进行假结核棒杆菌 Cp31 基因组组装的效率

阿东尼·AO·维拉斯、巴勃罗·HCG·德萨、肯尼·C·皮涅罗、迭戈·阿西斯·达斯·格拉卡斯、拉斐尔·阿泽维多·巴劳纳、玛丽亚·保拉·克鲁斯·施奈德、瓦斯科·阿泽维多、隆美尔·T·J·拉莫斯和阿图尔·席尔瓦

尽管通过高通量测序 (HTS) 平台获得了高精度，包括焦磷酸测序 (Roche 454)、连接酶 (SOLiD 系统) 等测序方法，以及最近使用 Ion Torrent PGM 进行的光后测序，该测序能够检测测序过程中释放的离子。测序时，这些平台所使用的化学方法仍然存在许多固有的错误，例如，在 Roche 和 Ion Torrent PGM 的 454 平台上非常常见的 INDEL（插入/删除）；Illumina 平台和 SOLiD 中的替代比比皆是。因此，测序公司已经努力解决这些问题。为了提高 Ion Torrent PGM 读数的准确性，Life Technologies 开发了一种名为 Hi-Q 的酶。

本工作旨在展示使用 Hi-Q 酶对假结核棒杆菌 Cp31 进行基因组组装的性能。为了评估结果，我们使用了相同菌株在没有酶的情况下获得的 Ion Torrent 数据集。

使用 Hi-Q 酶的测序影响了读数的准确性，从而提高了组装质量。结果，与之前的数据（没有Hi-Q）相比，获得了大量与参考基因组相关的完整基因。此外，Hi-Q 的使用减少了重叠群的数量。在评估了通过 Hi-Q 产生的基因组中的 GC 偏差后，我们发现 GC 偏差有所减少，这可以减少基因组组装过程中产生的间隙的数量和大小。此外，将 NCBI 提供的假结核杆菌 31 基因组注释中观察到的假基因数量与使用 Hi-Q 酶通过 Ion Torrent PGM 测序的基因组进行比较，结果显示，通过 Hi-Q 酶获得的基因组中的假基因数量减少了 3 倍。 Q酶。

因此，Hi-Q 的高效率得到了验证，与以前的化学方法相比，由于其高精度，这将有助于全基因组测序和 RNASeq 项目。