医学安全与全球健康
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抽象的

储存动物流行病学监测

保罗·维托尔·马克斯·西马斯

控制新发传染病的关键是进行积极的流行病学监测，以确定每个生态系统的主要健康宿主动物。从这个意义上说，Tadarida brasiliensis 蝙蝠物种是广泛分布于美洲大陆的物种，并且出现在巴西人口最稠密的地区。该物种适应城市地区，使多种病毒因子能够接触并传播给人类、家畜和生产动物。一些病毒家族，如冠状病毒 (CoV)，在卫生和流行病学监测中脱颖而出，因为高致病性病毒株是从蝙蝠进化而来的，如 2002 年的 SARS、2013 年的 MERS 以及当前流行的 SARS-2。目的是利用巴西 T. brasiliensis 蝙蝠物种中的病毒宏基因组学来表征冠状病毒物种及其系统发育关系，分布于美洲的典型物种。我们使用了 2011 年在巴西圣保罗州坎皮纳斯市中部地区 Jequitibás Wood 采集的蝙蝠样本的肛门和口腔拭子。使用 Illumina 平台 HiSeq 2500 对样本进行下一代测序 (NGS)。系统发育分析在MEGA中进行。从不同的数据库进行 BLAST 相似性搜索，并与对健康监测非常感兴趣的病毒起源序列（如未分类的 Alphacoronavirus）进行匹配。仅针对冠状病毒匹配的系统发育分析包括正冠状病毒亚科所有属的代表性序列 - α、β、γ 和 deltaCoV，并使用最大似然法 (ML) 和邻接法 (NJ) 进行。我们鉴定了与系统发育相关的 AlphaCoV 样序列，阿巴拉契亚岭 Cov.2，猪流行性腹泻病毒 (PEDV)、HCoV-NL63、蝙蝠冠状病毒 1B，这些对一种健康至关重要的病毒。一份样本使用 RT-PCR 和桑格测序进行了验证，与 PEDV 相似。考虑到许多冠状病毒的人畜共患影响，我们的结果极大地有助于更好地了解流行病蔓延之前这些病毒因子进化的分子生态流行病学。