免疫组学研究
开放获取

抽象的

利用计算机模拟方法设计针对莫科拉狂犬病病毒糖蛋白 G 的基于表位的肽疫苗

Mohammed AA、Hashim O、Elrahman KAA、Hamdi A 和 Hassan MA

背景：狂犬病病毒被认为是一种被忽视的人畜共患病热带病毒。在当今已知存在的所有狂犬病毒属病毒中，莫科拉病毒是独一无二的，似乎是非洲独有的。因此，这种病毒会导致哺乳动物脑膜脑脊髓炎；适当蛋白质残基的表位的计算机预测对于生产具有强大免疫原性和最小过敏效应的肽疫苗非常重要。这项研究的目的是设计一种莫科拉病毒疫苗，利用其糖蛋白肽作为免疫原来刺激保护性免疫反应。
方法和材料：从 NCBI 探索 Mokola 的糖蛋白 G 序列，然后对序列进行比对以获得保守区域。通过针对 B 细胞、T 细胞 MHC II 类和 I 类的不同预测工具对免疫表位数据库中的提名表位进行分析。然后借助 BioEdit 程序中实现的 ClustalW 进行序列比对。
结果与结论：对于 B 细胞的 Bepipred 测试，保守表位总数为 85。对于 Emini 表面可及性预测，36 个保守表位通过默认阈值 1.0。在 Kolaskar 和 Tongaonkar 抗原性中，36 个保守表位的得分高于默认阈值 1.045。然而，只有三个表位通过了三项测试（LYTIPEK、LAHQK、YPSVPS）。使用IEDB MHC-I结合预测工具分析参考糖蛋白株以预测T细胞表位。预计有 20 个保守肽与不同的 MHC-I 等位基因相互作用。对于 MHC-II 结合预测，发现 47 个保守表位与 MHC-II 等位基因相互作用。肽 GQILIPEMQ、FRRLLSHFRK 和 FVGYVTTTF 具有结合最多数量的 MHC-II 等位基因的亲和力。