免疫组学研究
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EpitopeViewer：一个 Java 应用程序，用于免疫表位数据库和分析资源 (IEDB) 中免疫表位的可视化和分析

约翰·E·比弗、菲利普·E·伯恩和朱莉娅·V·波诺马连科

背景：有关表位的结构信息，特别是与免疫受体复合的抗原的三维 (3D) 结构，为免疫学提供了宝贵的数据来源。此信息可在蛋白质数据库 (PDB) 中找到，并由免疫表位数据库和分析资源 (IEDB) 以精选形式提供。随着这些数据的持续增长以及理解免疫学兴趣的分子水平相互作用的重要性，需要新的专门的分子可视化和分析工具。结果：EpitopeViewer 是一个独立于平台的 Java 应用程序，用于可视化表位的三维结构和序列，并分析它们与免疫系统抗原特异性受体（抗体、T 细胞受体和 MHC 分子）的相互作用。观看者通过读取 IEDB 中的精选数据和/或根据 PDB 中的原子坐标即时计算来呈现抗原和受体之间分子间相互作用的 3D 视图和二维图。可以保存 3D 视图和相关交互以供将来使用和发布。EpitopeViewer 可以通过快速链接“按 3D 结构浏览记录”从 IEDB 网站 http://www.immuneepitope.org 访问。 结论：EpitopeViewer 的设计和测试是供免疫学家使用，几乎不需要或不需要任何操作。分子图形学培训。EpitopeViewer 可以从最流行的 Web 浏览器启动，无需用户干预。需要 Java 运行时环境 (RJE) 1.4.2 或更高版本 org 通过快速链接“按 3D 结构浏览记录”。结论：EpitopeViewer 的设计和测试是供免疫学家使用的，很少或根本没有分子图形方面的培训。EpitopeViewer 可以从最流行的 Web 浏览器启动，无需用户干预。需要 Java 运行时环境 (RJE) 1.4.2 或更高版本 org 通过快速链接“按 3D 结构浏览记录”。结论：EpitopeViewer 的设计和测试是供免疫学家使用的，很少或根本没有分子图形方面的培训。EpitopeViewer 可以从最流行的 Web 浏览器启动，无需用户干预。需要 Java 运行时环境 (RJE) 1.4.2 或更高版本