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欧洲生物技术 2018：从 mtDNA D 环和 Cyt-b 区域推断罗非鱼的单核苷酸多态性和单倍型分析 - Ikpeme E V - 尼日利亚阿贝奥库塔联邦农业大学

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罗非鱼是继鲤鱼之后全球捕捞和消费最广泛的鱼类。在商业上，罗非鱼的消费量很大，2013年全球产量约为4,677,613吨。需要强调的是，中国是世界上最大的罗非鱼生产国，产量约为1,600,000吨，而非洲；埃及是最大的生产国，产量约为 80 万。尼日利亚估计人口超过 1.6 亿，海岸线长约 853 公里。奥萨吉表示，这片广阔的海岸线可用于罗非鱼养殖，这可能为农业做出重大贡献。

据Oyakhilomen和Zibah称，鱼类的供需缺口约为180万吨。这是基于报告称尼日利亚每年对鱼类的需求约为266万吨。尽管罗非鱼富含蛋白质、钾、磷、维生素 B12 且脂肪含量低，但相对而言，它很少或根本没有受到研究关注。另一个令人恐惧的重要问题是，渔民为了弥补供需缺口而在野外不分青红皂白地过度捕捞，从而造成了这种鱼类的基因侵蚀。因此，这意味着如果不加大努力，特别是在驯化、保护罗非鱼养殖并将其纳入尼日利亚农业计划的研究方面，可能会带来厄运。

然而，饲养者和农民都抱怨生长不良，影响了市场竞争。为了缓解这一缺点，必须进行强有力的多样性分析，旨在筛选和选择罗非鱼的优良基因型进行育种和改良。毫无疑问，同一物种生物体之间的等位基因差异已成为农业/育种程序员的一个组成部分，其目的是选择种畜并识别濒临灭绝的物种以采取可能的保护措施。已经开发并采用了多种技术和方法用于遗传分析，例如基于形态测量的技术。不幸的是，虽然鱼类种群的识别和表征简单而直接，但其可靠性已受到环境因素的损害。

尽管 RAPD、SSR、ISSR、AFLP 等其他分子标记的特异性和分辨率能力较高，但据报道，DNA 序列数据在解释生物体物种之间的遗传相关性方面提供了更多信息。在两种主要的基因组 DNA（核 DNA 和线粒体 DNA）中，线粒体 DNA (mtDNA) 已被用于研究鱼类、鸟类、爬行动物以及哺乳动物等无脊椎动物的种群结构。哈比卜等人。审查认为线粒体DNA变异正在被用作确定物种内部和物种间遗传多样性的可靠工具。线粒体DNA的选择取决于这样一个事实：由于快速的突变率和每个细胞的拷贝数以及母系遗传，脊椎动物的线粒体基因组比核DNA表现出更多的变异。

线粒体 DNA 沿线的两个区域引起了研究兴趣，特别是在构建物种之间或物种之间的系统发育关系方面。这些是细胞色素 –b (cyt-b) 和 Dloop 区域。线粒体 DNA 的 Cyt-b 区域已广泛用于许多动物物种（包括鱼类）的遗传多样性研究。同样，线粒体基因组中侧翼为 tRNApro 和 tRNAphe 基因的 mtDNA 超变/控制区 (Dloop) 已被用于表征罗非鱼物种。

根据钱伯斯等人的说法。系统发育分析已用于追踪物种的起源和进化，预测序列的生理、生化和结构特征。它还用于评估祖先历史和关系。DNA 上有几个标志物可用于生物物种的识别和表征，特别是单核苷酸多态性 (SNP)。基于 SNP 的研究旨在研究物种之间的遗传差异，以预测表型和系统发育。考虑到当单核苷酸多态性（SNP）出现在基因内部时，它们会产生该基因的不同变体或等位基因，并且这些序列往往会在世代间保持不变；在本研究中，使用 mtDNA 的 Dloop 和 cyt-b 区域的 SNP 标记、遗传多样性、多态性、

材料和方法：样品采集、鱼组织 DNA 提取、聚合酶链式反应 (PCR) 扩增、mtDNA D 环和细胞色素区域测序、统计分析。结果表明，与罗非鱼线粒体DNA Cyt-b区域相比，线粒体DNA D环中具有更高的核苷酸和单倍型多样性，检测到更多的SNP，正向选择和非共享单倍型，从而产生更多的多态性。这意味着，这些种群中的罗非鱼可用于选择性育种和遗传改良，特别是来自南南种群的罗非鱼。

伦理批准：该研究是对来自养鱼场的鱼的生物材料进行的。获得组织进行分析后，肉就成为食用标准。因此，我们的研究不需要动物实验委员会的批准。

注：这项工作部分在2018年10月11-12日在俄罗斯莫斯科举行的第21届欧洲生物技术大会上展示