蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

基于 LC-MS 的无标记定量蛋白质组学计算平台的评估：全局视角

张润轩、阿伦·巴顿、朱莉·布里滕登、杰弗里·T.-J。黄和丹尼尔·克劳瑟

无标记鸟枪蛋白质组学是一种很有前途的半定量蛋白质分析方法，能够在一次实验中比较大量样品。这种蛋白质组学方法的关键挑战之一是由于蛋白质组学系统的复杂性，对特征检测和 LC-MS 比对等任务的计算能力提出了很高的要求。近年来开发了许多软件工具来辅助这些过程，但用户常常不清楚这些工具是否正确、全面地从原始数据中提取信息。在本文中，我们描述了一个综合程序，可以为 LC-MS 无标记计算软件的性能提供快速和全局的视图。还提供了两个高质量的质谱数据集，其中包含精心控制的 QC 样品和 spikedin 蛋白，作为此类评估的基准数据集。