医学诊断方法杂志
开放获取

抽象的

疑似败血症血浆游离 DNA 分析的临床实验室方法评价

Urosevic N、Inglis TJJ、Grasko J 和 Lim EM

背景：在极端的生理和病理条件下，血浆游离 DNA (cfDNA) 的数量和质量会发生变化。这些变化可以为妊娠、癌症、器官移植和败血症等多种疾病的新型预后生物标志物提供基础。需要对当前 cfDNA 分析方法进行评估，以确定最佳实用的医学诊断方法。

方法：最初，使用 QIAamp 循环核酸和 QI Aamp Mini 血液 DNA 试剂盒从 9 名发热性疾病患者的血浆中提取 cf DNA。使用 PerfeCta 和 AmpliTaq 混合物通过 β-珠蛋白 qPCR 测定 CfDNA 浓度。随后，使用 Qubit 荧光和芯片凝胶检测分析了另外 64 名疑似败血症且血培养呈阳性的患者的血浆 cfDNA。

结果：使用 AmpliTaq mix 通过 β-珠蛋白基因 qPCR 测定 CfDNA 浓度优于 PerfeCta qPCR。此外，与 PerfeCta AmpliTaq qPCR 不同的是，在通过任一 DNA 提取方法分离的 cfDNA 中，qPCR 确定了相似的基因组等效拷贝数。QIAamp Mini Blood 试剂盒和 AmpliTaq qPCR 随后分别用于一项更大规模的前瞻性研究，用于 cfDNA 分离和定量。然而，与 Qubit 直接 DNA 测量相比，qPCR 不太适合检测高血浆 cfDNA 水平（平均分别为 22.23 ng/mL 和 61.38 ng/mL），尽管两种方法之间具有良好的相关性。然后使用 DNA 微流控芯片方法确定 cfDNA 片段大小及其相对浓度，揭示核小体大小的 DNA 片段的存在，该片段与总 cfDNA 呈强正相关。此外，凋亡 DNA 被确定为血浆中 cfDNA 含量高的主要 DNA 成分。

结论：β-珠蛋白 qPCR 更适合检测低血浆 cfDNA 浓度，而 Qubit 检测是快速鉴定高血浆浓度的更好选择。根据 DNA 芯片分析，细胞凋亡是血浆中 cfDNA 的主要来源，血浆中 cfDNA 浓度较高。