蛋白质组学与生物信息学杂志
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抽象的

基于串联质谱的蛋白质组学四种肽识别算法的一致性评估

Ruben K. Dagda、Tamanna Sultana 和 James Lyons-Weiler

蛋白质数据库搜索算法的不同评分方案和过滤器设置的可用性极大地扩展了从 MS/MS 谱图中识别候选肽的搜索方法的数量。我们之前已经表明，与使用单个搜索引擎（单独的方法）相比，结合三种搜索算法的基于共识的方法可以产生更高的灵敏度和特异性。我们假设四个搜索引擎（Sequest、Mascot、X!Tandem 和 Phenyx）的联合可以进一步增强敏感性和特异性。生成 ROC 图是为了测量源自同一数据集的 5460 种共识方法的敏感性和特异性。我们发现 Ma scot 在灵敏度和特异性方面优于各个方法，而 Phenyx 表现最差。联合共识方法通常产生更高的灵敏度，而交集共识方法则给出更高的特异性。与使用三个搜索引擎的联合方法相比，四种搜索算法的联合方法适度提高了灵敏度，但没有提高特异性。这表明基于特定搜索算法组合的策略，而不仅仅是“尽可能多的搜索引擎”，可能是肽识别成功的关键策略。最后，我们提供了针对不同用户特定条件优化 MS/MS 谱中肽鉴定的灵敏度或特异性的策略。但与使用三个搜索引擎的联合方法相比，特异性不高。这表明基于特定搜索算法组合的策略，而不仅仅是“尽可能多的搜索引擎”，可能是肽识别成功的关键策略。最后，我们提供了针对不同用户特定条件优化 MS/MS 谱中肽鉴定的灵敏度或特异性的策略。但与使用三个搜索引擎的联合方法相比，特异性不高。这表明基于特定搜索算法组合的策略，而不仅仅是“尽可能多的搜索引擎”，可能是肽识别成功的关键策略。最后，我们提供了针对不同用户特定条件优化 MS/MS 谱中肽鉴定的灵敏度或特异性的策略。