蛋白质组学与生物信息学杂志
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古细菌中 CRISPR 的进化分析：水平基因转移的证据

Anupama S、Aswathy Rajan MP、Gurusaran M、Radha P、Dinesh Kumar KS、Chitra R、Hima Vyshanavi AM 和 Sekar K

与真核免疫系统类似，原核生物也拥有 CRISPR、一系列 DNA 直接重复序列和间隔区，以增强针对入侵噬菌体和质粒的免疫力。在生物体基因组中发现的 CRISPR（成簇规则间隔短回文重复序列）单元由一系列由独特间隔区间隔的重复序列组成，并与位于该阵列附近的特殊基因相关。间隔序列是从入侵生物体整合的核苷酸片段。CRISPR 序列的比较基因组分析证实了不同原核生物之间 CRISPR-CAS 系统存在巨大差异。在此，针对完整古菌物种的 CRISPR 序列进行了分析，并进行了案例研究。从 CRISPR 序列中绘制的系统发育分析表明，所分析的生物体的直接重复序列是和谐的，没有间隔相似性的痕迹。此外，除了数据库中以前存在的元件之外，还采购了新的 CRISPR 元件。然后使用 BLAST 对 CRISPR 进行局部比对，以确保任何序列是否与 NCBI 中提供的人类和病毒基因组表现出相似性。